با شروع تجاوز رژیم بعثی عراق به میهن اسلامی،مقام معظم رهبری به عنوان یک روحانی مبارز و رزمنده در سمت نمایندگی حضرت امام خمینی(ره)در شورای عالی دفاع و بعدها به عنوان رئیس جمهوری حضور بسیار چشمگیر و موثری در مناطق جنگی و عملیاتی داشتند.این حضور در کنار رزمندگان اسلام و در خطوط مقدم و صحنه های جهاد و شهادت،باعث تقویت و افزایش روحیه رزمی و معنوی و قوت قلب زایدالوصفی در رزمندگان اسلام بود.

آقا در یک جلسه آمدند به قرارگاه تاکتیکی ما در ماژه که چسبیده به خرمشهر است همان زمانی که ایشان آنجا بودند،عراقی ها تا روی خود جاده ی خرمشهر و تا نزدیک جاده دارخوئین هم پیشروی کرده بودند،ایشان با اینکه رئیس جمهور بودند در مناطقی که در تیررس دشمن بود می آمدند آن هم با روحیه باز و با نشاط و اطمینان قلب.یک شب آمدند و آنجا نماز خواندند و چون در سنگر جایی نبود رزمندگان در کنار رودخانه کارون نشستند و ایشان حدود یک ساعت با لحن و برخورد بسیار گرم و امیدبخش با بچه ها صحبت کردند و بچه ها دیدند که رئیس جمهور یک مملکت پیش آنها آمده و در آن وضعیت خطرناک،خیلی آرام و راحت سخن می گوید.برایشان خیلی روحیه بخش و جالب بود.

دو تا از آقا زاده های ایشان به نام مصطفی و سید مجتبی از کسانی بودند که واقعا توی جبهه ها آمدند و کار کردند.این دو نفر خودشان را طوری نشان می دادند که کسی آن ها را نشناسد.مثلا آقا سید مجتبی در عملیات کربلای یک و مهران که در خط پدافندی بودند،جسم ضعیفی داشت.اما بسیار مصمم و چابک بود،عینکی هم زده بود و حالت عرفانی با اینکه سنش 15 یا 16 سال بیشتر نبود با سر و صورت خاکی اصلا توی عالم خودش بود.ایشان توی گردان بودند دقیقا هیچ تفاوتی با دیگران نداشتند حتی گاهی بیشتر از دیگران سختی ها را تحمل می کردند.همین ها بود که به بسیجی ها دلگرمی می داد.یا سید مصطفی که آقا زاده بزرگتر هستند ایشان در عملیات های مختلف شرکت داشتند مثلا در عملیات نصر7 مجروح شدند و به یکی از بیمارستانهای شیراز منتقل گردیدند آنجا که طبق مقررات نام و مشخصات و نشانی مجروح را می پرسند،تازه متوجه شدند که ایشان فرزند آقا هستند.

معظم له خاطره شیرینی از دوران دفاع مقدس نقل می فرمودند که واقعا شنیدنی است.می فرمودند: من چون در منطقه لباس نظامی به تن داشتم وقتی جهت اقامه نماز جمعه به تهران می آمدم،لباس روحانیت را روی لباس نظامی می پوشیدم.عادت من این بود که وقتی از منطقه بر می گشتم می رفتم خدمت حضرت امام (ره)،یکی از همین دفعات که سال 59 از منطقه ی جنگی آمدم و وارد حیاط منزل حضرت امام(ره)شدم در تمامی مدت که من در حال باز کردن بند پوتین هایم بودم و حضرت امام(ره)از پشت پنجره اتاقشان به این هیئت و قیافه من که لباس نظامی را زیر قبا پوشیده بودم نظاره می فرمودند و خیره خیره نگاه می کردند وقتی رسیدم داخل اتاقشان دست مبارکشان را بوسیدم و بعد از احوالپرسی فرمودند: یک وقت پوشیدن لباس جندی(نظامی)برای اهل علم خلاف مروت بود ولی حالا بحمدالله وضع به اینجا رسیده است.من احساس می کردم که ایشان خوشحالند.

روزی در قرار گاه لشگر امام رضا(ع)در پشت خرمشهر بودم. دشمن فشار زیادی به آنجا می آورد.هنگام ظهر هوا گرم بود.در مسجد جا برای نمازگزاردن نبود.(آقا)بیرون آمدند و در هوای گرم،زیلویی انداختند و مشغول نماز شدند بچه ها همه با علاقه به ایشان اقتدا کردند.هوا به قدری گرم بود که وقتی پیشانیمان را برای سجده به مهر می گذاشتیم داغ بود و می چسبید.در قرارگاه عملیات والفجر 10 بودیم داشتیم گزارش می دادیم یک مرتبه آقا فرمودند:وقت نماز شده است.گزارش را قطع کنید و آماده نماز شوید.

روزی در جبهه،صبح که وارد محوطه شدیم به ایشان عرض کردم: امروز غذای ما طبق برنامه ی قبل این غذا هست ولی همه ی عزیزان یگان تاکید دارند ما امروز آن غذا را به خاطر وجود مبارک شما تغییر بدهیم.(آقا)فرمودند:همان غذایی را که داشتید بگذارید باشد و برنامه ریزی که کردید انجام شود تا ما ببینیم غذای بسیجیان چیست و از آن غذا استفاده کنیم...